为全面完成重庆市第三次畜禽遗传资源普查工作，彻底摸清重庆市畜禽遗传资源状况，重庆市委、市政府高位推动，市农业农村委、市商务委及时成立工作专班，并在市畜牧总站设立了普查工作办公室，负责日常工作。全面完成了40个区（县）1031个乡镇11233个行政村的面上普查任务，实现了畜禽品种、行政区域两个全覆盖。
坚持高位推动。重庆市主要领导和分管领导多次召开普查专题会议，明确目标任务，要求各级政府和业务部门要主动对标对表，采取有力措施、强化技术支撑、落实普查经费，2021年市级落实普查专项资金580万元、部分区（县）配套280万元，确保高质量完成畜禽普查工作。
提高组织化程度。重庆市、区（县）两级均设立普查办公室、组建专家组，组成普查队伍6714人、技术专家组510人。实行市级专家分片包区（县）、区（县）专家分片包乡镇，制定了普查工作指南、技术路线图和时间表，稳步推进普查工作。同时，市、区（县）专家在做好人员培训的基础上，采取以督代训的形式，开展督导帮扶、现场指导1万多人次。
落实职能职责。重庆市结合自身实际，分畜种细化工作方案，按畜种、分区（县）落实责任到人，以问题为导向，对进展缓慢畜种和重视不够的区（县）、乡镇，针对性组织专家开展培训、指导、督促和帮扶，推动普查工作精准落地。
建立考核制度。重庆市把畜禽遗传资源普查工作作为重要内容纳入全市乡村振兴考核，加强目标管理和过程管理，建立定期调度、实时跟踪，从2021年7月份起进行月调度、月排名、月通报。加强数据质量控制，制定了数据质量控制方案，实行分阶段、分层级审核制度，确保数据的完整性、真实性、准确性。
实施边普边保。一边全面做好面上普查，一边开展畜禽遗传资源保护。2021年安排专项资金1400万元，重点保护地方畜禽资源11个，确立市级畜禽种质资源保护单位22家，发布《重庆市畜禽遗传资源保护名录》，创新了保种方式，制定了保种方案，细化了职能职责，开展了性能测定，进行了鉴定评价，培育出荣昌猪、大足黑山羊国家级保种场区3个。
