如何将药物更合理地投入到饮水系统中，也是养殖企业需要思考的问题。一些猪场用水直接来源于自来水管道，无法投入药物。其他一些猪场虽自建了储水装置，但建造一套储水装置是远远不够的。例如，通常情况下断奶仔猪和母猪共用一套饮水系统，导致无法对仔猪和母猪进行针对性给药治疗。理想情况下，每一阶段猪群都应拥有一套独立的储水系统。此外，储水系统给药还面临如何确定给药剂量的问题，如果储水池水量超过猪群日饮水量，猪只摄入的药物剂量可能低于日需给药剂量，反之储水池过小，需反复加水，最先饮水的猪只会摄入更高剂量的药物。可以通过建造备用饮水系统解决这一问题，其独立于主饮水系统，但这样会增加额外投入。通过备用饮水系统可针对某一猪群单独饮水给药，减少主饮水系统给药造成的浪费，降低投入成本。
饮水给药的最有效方式是使用比例加药器，例如法国Dosatron加药器。比例加药器与主饮水系统相连，水压驱动即可工作，无需供电。通过设置加药器给药浓度，准确地为猪群饮水给药，例如设置给药浓度为1%，每100 mL水通过加药器，即从储药罐中吸出1 mL药液。此外，应用加药器给药前应明确猪只日给药剂量和饮水量，为了保证给药剂量更准确，可参考猪只体重，计算给药量。
饲用抗生素的应用日益减少
英国一些规模化猪生产企业逐渐减少饲用抗生素的使用，Tulip公司农业主管Andrew Saunders在最近的一次会议上说：“公司农场已经停止使用任何饲用抗生素”。JSR农业集团多数农场已不再使用饲用抗生素，JSR生产经理Nigel Pritchard说：“我们主要采用个体注射给药方式，并且基于良好的饲养管理，猪群健康状况一直保持良好，已很久没有进行大规模药物治疗了。现在更多采取预防性管理措施，制定科学的疫苗接种计划”。此外，NPA的高级政策顾问Georgina Crayford说：“在抗生素使用与管理方面提议对欧盟法律做出修改，制定更具针对性的抗生素管理制度是至关重要的，如仅允许抗生素用于防治高感染风险的动物疾病”。相比之下，饮水给药是更有针对性的方法，然而对于许多猪生产企业，建造适用于饮水给药的新型饮水系统需投入大量资金。也许，预防疾病才是重中之重，通过改进生物安全、卫生规划，预防相关疾病发生，来避免药物治疗。
