前面提过，药物预防对防止疾病的发生和扩散起了很重要的作用；但药物预防并非是防病的神仙妙药，频繁地使用药物预防则是弊大于利。
首先，药物预防要增加养猪成本；随养猪难度加大，使用的药物档次也越来越高，成本的增加也越来越大；药物成本已经成为养猪成本中重要的一项。减少药物预防的次数，则是降低养猪成本的重要手段。
其次，任何药物都有副作用；俗话说，是药三分毒，频繁使用药物，会导致药物毒性在体内的累积，到一定程度是会危害到猪的健康。
第三，现在药物预防主要使用抗生素；药物在杀灭细菌的同时，细菌也在不断地产生对抗能力，导致细菌对药物的抗药性越来越强，以至发病后无药可用。
第四，长期使用药物，会使猪产生对药物的依赖性；用药时一切正常，一旦停药，则马上出现不良反应；这样猪群一直处于不安全的状态，不但增加药物费用，更让养猪人时刻提心掉胆，一直处于紧张状态。
所以，我们只能把药物预防当成一种应急手段，而不能把药物预防当成防病的唯一办法；否则就会受到药物预防的绑架，成为药物预防的受害者。
