由于特种经济动物养殖具有特殊性，所以在种类选择时必须要注意以下几点：
1.尽量选择饲养技术条件成熟的物种。饲养技术是养殖特种经济动物的关键，在没有成熟饲养技术的支持下，养殖户遭受风险的概率将会明显增大。例如人工圈养林蛙时，因为该技术条件尚未成熟，导致林蛙大量死亡，仅存的林蛙也存在成品体积小、口感差等问题，严重影响了养殖户的收益。而相比之下，鹿类动物、野猪等特种经济动物的饲养条件相对成熟，因此在养殖过程中能够得到更多的技术指导，有助于规避风险。
2.选择适合本地区的物种。所养殖的特种经济动物应该充分考虑本地区的自然气候特征，尽量选择适合地区的物种。例如鹿茸、貂皮与人参被称为东北地区的“三宝”，因此东北地区在养殖特种经济动物时就可以养殖鹿类、犬类产品等；而海南地区气候温和、降雨丰富，就可以养殖虎纹蛙、鳄鱼等。由此可见，在地域因素的限制下，特种经济动物的养殖均存在差异，应该得到相关人员的重视。
3.养殖符合社会文化的物种。随着社会的进一步发展，人民的思想意识逐渐觉醒，有关动物保护的话题逐渐得到更多人的关注。例如著名的“广西桂林狗肉节”、“养熊取胆”事件等，社会上有关这些事件的争议越来越多。以“养熊取胆”为例，从医学角度来看，熊胆作为一味重要的中药，在临床治疗中发挥着作用，因此从治病救人的角度来看，“养熊取胆”是正确的。但是越来越多的人认为这种行为是错误的，对熊本身造成了迫害，因此有关“养熊取胆”的争论尚未得到解决。对于养殖户而言，必须要充分认识到这一点，尽量选择符合社会文化的物种。
