新型冠状病毒的暴发对家禽行业来说，是个非常尴尬的存在。首先，官方排除了禽流感、SARS等高发病毒，但是并未排除是否来源于禽类。这也就导致全国多地禁止活禽宰杀及交易，家禽莫名“躺枪”。今日，中国动物卫生与流行病学中心和中国兽医发布发文称，初步排除2019-nCoV来源于已知家禽冠状病毒的可能性。
冠状病毒是一个大型病毒家族，已知可引起感冒以及中东呼吸综合征(MERS)和严重急性呼吸综合征(SARS)等较严重疾病。而肆虐湖北的新型冠状病毒是以前从未在人体中发现的冠状病毒新毒株。
冠状病毒(Coronaviruses)在分类地位上属于套式病毒目(Nidovirales)冠状病毒科(Coronaviridae)正冠状病毒亚科(Orthocoronavirinae)，包括α、β、γ和δ等4个属，可感染包括人类在内的多种动物。其中，α冠状病毒属主要感染人和猪、犬、猫、蝙蝠等，β冠状病毒属主要感染人和牛、马、猪、鼠等哺乳动物，γ冠状病毒属主要感染鸡、火鸡、鸭、鹅等禽类，δ冠状病毒属主要感染野禽和猪。引起此次新型冠状病毒肺炎疫情的病毒(2019-nCoV)属于冠状病毒科β冠状病毒属。可感染禽类的冠状病毒主要来自γ冠状病毒属和δ冠状病毒属。
鸡传染性支气管炎病毒(IBV)等家禽中分离到的冠状病毒均为γ冠状病毒属。家禽冠状病毒感染危害较大的是IBV。此外，鸭冠状病毒、鹅冠状病毒和鸽冠状病毒等在家禽中也有检出。一些野禽可感染δ属冠状病毒(如鹅口疮冠状病毒HKU12等)。2013年以来，中国动物卫生与流行病学中心对全国17省份共计5249份家禽样品进行了禽源冠状病毒检测，共检测到IBV 446株，新型鸭冠状病毒和新型鸽冠状病毒等新型禽冠状病毒共277株，IBV、新型鸭冠状病毒、新型鸽冠状病毒的检出率分别为8.50%、2.04%、3.24%。
对2019-nCoV与禽源冠状病毒的亲缘关系进行分析发现，2019-nCoV与已知的禽源冠状病毒核苷酸同源性较低;基于冠状病毒1ab基因保守区域的进化分析表明，2019-nCoV与禽源冠状病毒亲缘关系较远。
基于上述分析，初步排除2019-nCoV来源于已知家禽冠状病毒的可能性。
2020年2月7日，华南农业大学、岭南现代农业科学与技术广东省实验室教授沈永义、肖立华教授等科研人员，通过联合攻关，在新型冠状病毒潜在中间宿主的溯源上取得突破。他们的最新研究表明，穿山甲为新型冠状病毒的潜在中间宿主。
据了解，攻关团队通过分析1000多份宏基因组样品，锁定穿山甲为新型冠状病毒的潜在中间宿主;继而通过分子生物学检测，揭示穿山甲中β冠状病毒的阳性率为70%;进一步对病毒进行分离鉴定，电镜下观察到典型的冠状病毒颗粒结构;最后通过对病毒的基因组分析，发现分离的病毒株与目前感染人的毒株序列相似度高达99%。
