从科学与专业的角度来说，采集病料、分离鉴定病原，是诊断畜禽临床细菌性感染的金标准。然而，实际生产与治疗时，由于这种方式确证用时过长、体内体外的差异，给急速发展的疾病治疗带来巨大论难。所以说，研究可以，对于现实中畜禽病例的治疗，我们仍然觉得“依据经验进行细菌感染性疾病的治疗”，仍然是当前与今后较长一段时间内的最好方式。
经验治疗
由此，就需要基层兽医们，在病原菌的微生物培养、鉴定和药物敏感性结果等未知的前提下，充分根据患病畜禽群的感染部位、基础疾病、发病情况、发病场所、既往抗菌药物用药史及其治疗反应等推测可能的病原菌？并且，再结合当地既往细菌耐药性监测数据、分析，先给予抗菌药物经验治疗。为了达到相对比较好的治疗效果，就需要综合以下信息进行施治。
感染部位
感染部位对经验性选择抗菌药物的影响主要考虑两方面。一是该感染部位的常见病原菌以及其对于药物的敏感性；二是药物在此部位浓度较高。比如说，急性呼吸道感染通常是由病毒所导致的，病程多有自限性，一般需要使用抗菌药物配合抗病毒药，再予对症治疗即可痊愈。
当临诊发现畜禽的细菌感染症状明显时，如咳嗽并流黏液、剖检有脓痰液等时，需要使用广谱、高效抗菌药物。再比如，消化系统感染多以大肠杆菌、肠球菌、魏氏梭菌等多见，用药时应该选用对这些细菌敏感的药物。
发病情况
这方面也是影响抗菌药物有效选择的重要因素之一。当畜禽疾病危急时，就应该选择广谱的抗菌药物，以便尽可能涵盖所有可能的病原微生物。当然，畜禽的继发感染症状，通常也提示特殊病原体的感染，对准确诊断具有重要的参考价值。可根据其特点，做出相应的诊断。若畜禽场处于传染病流行的疫区，而且近期也有该传染病的发生史，这对准确诊断和治疗也具有很重要的提示作用。
既往用药
抗菌药物的使用疗程，因感染不同而有所不同。通常情况下，单一药物可有效治疗的细菌感染，不要施以联合用药。更需要注意的是，药物耐药史也是需要考虑的。细菌耐药已是全球所面临的公共卫生挑战，应该引起高度的重视。所以，要结合当地病原菌流行病学分布及抗菌药物的耐药情况，据此可更合理地指导抗菌药物的用药。
