为了防止猪只生病所造成的经济损失，在建设生物发酵舍时要充分考虑到这一点，做好发酵床的管理工作，生物发酵舍的疫病防治分为四个重点，下面是详细介绍。
1、猪舍建设
这是进行猪只保健和实施疾病防控措施的前提，使用有效的设备往往可以起到事半功倍的作用。
2、垫料的管理
这是疾病防控的关键，只要管理好垫料，疾病发生的机会就会大大降低。
3、饲料管理
这是生物发酵舍可持续运行的重要保障，维持肠道的微生态平衡，要保持饲料中不能长期添加对发酵床的微生物有害的物质。
4、病猪处理
在出现垫料管理不当或出现外来大量的不可控病原时，可采取生物发酵舍养猪技术的疾病防控的紧急措施——隔离和堆积发酵，这样可以有效防止疫病的大面积扩散。
