为加强动物防疫等补助经费的管理和监督，提高资金使用效益，财政部会同农业部制定出台《动物防疫等补助经费管理办法》。
办法指出，动物防疫支出包括强制免疫补助、强制扑杀补助、养殖环节无害化处理补助等。
强制免疫补助方面，允许按程序对符合条件的养殖场户实行强制免疫“先打后补”，逐步实现养殖场户自主采购，财政直补；对目前暂不符合条件的养殖场户，强制免疫疫苗继续实行省级集中招标采购，探索以政府购买服务的形式实施强制免疫。
强制扑杀补助的补助对象为被依法强制扑杀动物的养殖者。养殖环节无害化处理补助则按照“谁处理，补给谁”的原则，补助对象为承担无害化处理任务的实施者。
办法要求，动物防疫等补助经费不得用于兴建楼堂馆所、弥补预算支出缺口等与动物防疫无关的支出。资金使用单位和个人滞留截留、虚报冒领、挤占挪用动物防疫等补助经费将被追究相应责任。
以下是办法全文
动物防疫等补助经费管理办法
第一章 总则
第一条 为加强动物防疫等补助经费的管理和监督，提高资金使用效益，强化重大动物疫病防控工作，根据《中华人民共和国预算法》、《中华人民共和国动物防疫法》、《重大动物疫情应急条例》、《中央对地方专项转移支付管理办法》（财预〔2015〕230号）等有关法律法规，制定本办法。
第二条 动物防疫等补助经费是中央财政预算安排用于重点动物疫病国家强制免疫补助、强制扑杀补助、养殖环节无害化处理补助的专项转移支付资金。
国家建立强制免疫、强制扑杀补助病种动态调整机制，农业部会同财政部定期评估并适时做出调整。
第三条 动物防疫等补助经费由财政部会同农业部共同管理，按照“政策目标明确、分配办法科学、支出方向协调、绩效结果导向”的原则分配和使用。
第二章 资金支出范围
第四条 动物防疫支出包括强制免疫补助、强制扑杀补助、养殖环节无害化处理补助等。各省在完成各项动物防疫工作任务的前提下，可在本专项支出范围内统筹使用动物防疫等补助经费。
第五条 强制免疫补助主要是用于国家重点动物疫病开展强制免疫、免疫效果监测评价、人员防护等相关防控措施，以及实施强制免疫计划、购买防疫服务等方面。
允许按程序对符合条件的养殖场户实行强制免疫“先打后补”，逐步实现养殖场户自主采购，财政直补；对目前暂不符合条件的养殖场户，强制免疫疫苗继续实行省级集中招标采购，探索以政府购买服务的形式实施强制免疫。
第六条 强制扑杀补助主要是用于预防、控制和扑灭国家重点动物疫病过程中被强制扑杀动物的补助等方面。补助对象为被依法强制扑杀动物的养殖者。
第七条 养殖环节无害化处理补助主要用于养殖环节病死猪无害化处理等方面。按照“谁处理补给谁”的原则，补助对象为承担无害化处理任务的实施者。
第八条 动物防疫等补助经费不得用于兴建楼堂馆所、弥补预算支出缺口等与动物防疫无关的支出。
第三章 资金分配和下达
第九条 强制免疫补助、养殖环节无害化处理补助按照因素法进行分配，资金分配的因素主要包括相关畜种饲养量、年度工作任务（任务清单）或绩效目标实现情况等。
各省应根据疫苗实际招标价格、需求数量及动物防疫工作实际需求，结合中央财政补助资金，据实安排强制免疫省级财政补助资金，确保动物防疫工作需要。
第十条 强制扑杀补助资金根据实际扑杀畜禽数量，按补助标准据实结算，实行先扑杀后补助。
各省级财政部门可会同兽医主管部门根据畜禽大小、品种等因素细化补助标准。
第十一条 农业部根据国家动物防疫补助政策确定的实施范围、畜牧饲养量和各省份申请文件等，提出年度资金分配建议，会同财政部根据资金管理需要，制定实施指导性意见，细化管理要求。
第十二条 省级兽医主管部门会同财政部门于每年3月15日前，向农业部和财政部报送本省上一年度3月1日至当年2月28（29）日期间强制扑杀实施情况，报送内容包括各级财政补助经费的测算。
第十三条 财政部于每年全国人民代表大会批准预算后90日内，根据年度预算安排和农业部分配建议等，审核下达当年动物防疫等补助资金，抄送农业部和各地专员办。资金分配结果在预算下达文件印发后20日内向社会公开。
第十四条 动物防疫等补助经费的支付，按照国库集中支付制度有关规定执行。属于政府采购管理范围的，按照政府采购有关法律制度规定执行。
第四章 资金使用和管理
第十五条 动物防疫等补助经费使用管理坚持公开透明原则，各级兽医主管部门、财政部门应通过多种形式推进信息公开，做好政策内容、补贴对象、补贴标准、受益对象等信息公开公示，认真落实好群众的知情权、参与权和监督权。
第十六条 各级财政部门和兽医主管部门应加强动物防疫等补助经费的预算执行管理，提高预算执行的及时性与有效性，提高资金使用效益。
预算执行管理工作将作为重要因素与下一年度资金分配挂钩。结转结余的动物防疫等补助经费，按照财政部关于结转结余资金管理的有关规定处理。
第十七条 各级兽医主管部门应当组织核实补贴资金支持对象的资格、条件，督促检查工作任务（任务清单）或绩效目标完成情况，为财政部门按规定标准分配、审核拨付资金提供依据。
第五章 监督检查和绩效评价
第十八条 各级财政部门、兽医主管部门应当加强对动物防疫等补助经费分配、使用、管理情况的监督检查，发现问题及时纠正。
各地专员办根据农业部、财政部确定的年度工作任务（任务清单）或区域绩效目标，加强动物防疫等补助经费预算执行情况监管，根据财政部计划安排开展监督检查，形成监管报告报送财政部。
第十九条 动物防疫等补助经费使用管理实行绩效评价制度，评价结果作为动物防疫等补助经费分配的重要依据。动物防疫等补助经费绩效管理办法另行制定。
第二十条 各省兽医主管部门会同财政部门应于次年1月31日前报送项目实施总结，内容包括政策落实、预算执行、资金使用、监督管理、存在问题及有关建议等方面。
第二十一条 各级财政、兽医主管部门及其工作人员在资金分配、审核等工作中，存在违反规定分配资金、向不符合条件的单位、个人（或项目）分配资金或者擅自超出规定的范围、标准分配或使用资金等，以及存在其他滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊等违法违纪行为的，按照《中华人民共和国预算法》、《公务员法》、《行政监察法》、《财政违法行为处罚处分条例》等国家有关规定追究相关责任；涉嫌犯罪的，移送司法机关处理。
第二十二条 资金使用单位和个人滞留截留、虚报冒领、挤占挪用动物防疫等补助经费，以及存在其他违反本办法规定行为的，按照《预算法》、《财政违法行为处罚处分条例》等有关规定追究相应责任。
第六章 附则
第二十三条 省级财政部门应当会同兽医主管部门根据本办法制定实施细则，报送财政部和农业部，并抄送当地专员办。
第二十四条 本办法所称省级、各省是指省、自治区、直辖市、计划单列市和新疆生产建设兵团。专员办是指财政部驻各省、自治区、直辖市、计划单列市财政监察专员办事处。
第二十五条 本办法由财政部会同农业部负责解释。
第二十六条 本办法自2017年6月1日起施行。《财政部办公厅 农业部办公厅关于颁发〈牲畜口蹄疫防治经费管理的若干规定〉的通知》（财办农〔2001〕77号）、《财政部 农业部关于印发〈高致病性禽流感防治经费管理暂行办法〉的通知》（财农〔2004〕5号）、《财政部办公厅 农业部办公厅关于农业生产救灾高致病性禽流感和牲畜口蹄疫扑杀补助资金申请有关事宜的通知》（财办农〔2004〕22号）、《财政部关于印发〈高致病性禽流感防控基金管理暂行办法〉的通知》（财农〔2006〕31号）、《财政部关于印发〈屠宰环节病害猪无害化处理财政补贴资金管理暂行办法〉的通知》（财建〔2007〕608号）、《财政部关于调整生猪屠宰环节病害猪无害化处理补贴标准的通知》（财建〔2011〕599号）同时废止。
