近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所鸡遗传育种团队，在对中外鸡种全基因组重测序的基础上，整合对重要经济性状功能基因的显著位点，开展了自主芯片设计，研制出我国首款鸡55KSNP芯片。
近年来，随着分子标记检测技术不断发展，分子育种进入了全基因组选择时代。相对于传统育种手段，全基因组选择具有育种值估计准确率高、有效提高育种工作效率等优点，已应用于奶牛、生猪的品系选育中。而与牛和猪比较,全基因组选择在家禽育种方面的研究和应用则相对较少。
记者了解到，用于鸡全基因选择的商业化芯片价格昂贵，国外芯片单个样本的价格需要1200元～1500元，而开展一次研究需要的样本数就要千余个。北京畜牧兽医研究所鸡遗传育种团队赵桂苹研究员告诉记者，国外商品化芯片的位点信息多来源于国外商业蛋鸡和肉鸡品种，如600KSNP芯片，有60万个位点，但并不完全适用于我国国内品种育种使用。
针对这一需求，鸡遗传育种团队二十余人经过大量调研、搜集，从2014年开始做技术性研究，测序、找位点，最终确定了5万多个位点。“尽管位点数量不算特别多，但优势显著。”赵桂苹告诉记者，该团队研发的芯片，具有三大特点：一是具有多品种通用性。对比筛选了我国代表性的地方鸡种、国内外高度选育商用鸡种的特征位点，并用国外600KSNP芯片作为填充，确保位点信息的广谱性和有效性。二是具有经济性状的功能相关性。筛选了与饲料报酬、产肉率、脂代谢、肉品质、一般抗病力、繁殖等性状基因显著的位点14K，大幅增加了芯片的实用性。三是位点分布均匀、通量适中。55KSNP芯片位点在全基因组均匀分布，保证了育种值估计的准确性。与600KSNP芯片相比，通量适中，价格大幅降低，一个样本不到700元，具有较高的性价比。
55KSNP芯片的开发，填补了我国鸡全基因选择的商业化芯片的空白，不仅用于国内肉鸡、蛋鸡的育种，还可用于地方品种资源的评价、功能基因鉴定等研究中，应用前景广阔。据了解，鸡遗传育种团队将全面开展芯片应用效果评估，并建立我国肉鸡全基因组选择的分析平台，为国产化肉鸡品种选育提供技术支撑。
