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南昌市通过规划禁养区、限养区、可养区，引导禁养区内养殖大户关闭养殖场或退出禁养区。目前，南昌全市禁养区内纳入整治范围的4205家养殖场已全部关停。
在非禁养区，南昌市指导督促养殖场进行养殖污染防治设施建设。目前，南昌全市尚在养的生猪规模养殖场治污设施配套率已达81.6%。
针对南昌全市生猪规模养殖场较多的实际，采取由政府统一规划建设畜禽养殖粪污集中处理中心的办法，通过分户收集、集中处理的方式，解决养殖污染治理问题。目前，进贤县汇得能公司已成功运行，南昌县、新建区集中处理项目正在按计划推进。
此外，南昌市在南昌县、进贤县、新建区规划建设了病死畜禽无害化集中处理中心，并在全市各乡镇规划建设了病死畜禽无害化处理暂存点。目前，南昌县已建成日处理能力10吨左右的无害化处理中心。
