挑战一 缘于“小规模、大群体”的根基
中国蛋鸡养殖万只以下的中小规模养殖场(户)约占全国蛋鸡总存栏量和全国鸡蛋总产量63%左右。研究发现：农户扩大养殖规模的意愿与行为间存在相背离现象，而农户在养殖过程中面临的困难是造成其意愿与行为偏离的主要原因，具体包括：蛋鸡死淘率、养殖户年龄、受教育水平、市场销售渠道、议价能力和废弃物处理负担等因素。影响蛋鸡养殖户实现规模化的因素主要有家庭的养殖劳动力比例、养殖劳动力平均年龄、养殖劳动力平均受教育程度、家庭收入结构、养殖用地约束、农户养殖管理能力和扶持政策等7个因素。
从2007年开始，国家大幅度增加资金投入，安排了4.62亿元采取“以奖代补”方式对蛋鸡标准化规模养殖场进行扶持。经过“十二五”期间的发展，我国蛋鸡产业的标准化、规模化发展趋势越来越明显，蛋鸡行业整合进程也不断加快。
近10年，商品代蛋鸡养殖规模化程度已有较大提升。2013年下半年蛋鸡体系首席科学家杨宁组织调查的结果显示：5000只以上的比例约70%。
最新行业统计，2015年2000只以下的小规模养殖户年存栏量仍占总饲养量30%左右。养殖户对市场信息的掌握不够全面，养殖计划性较差，存在跟风养殖、盲目进入的现象。养殖户对市场风险判断和应对能力很弱，更易受到产业周期性波动影响和突发事件的冲击。难以抵御短期价格波动带来的巨大风险，如遇无奈退出，导致无可挽回的损失。
挑战二 生产成本不断攀高
1、鸡苗成本。鸡苗进价在2000～2016年期间年均增长3.5%左右。大规模蛋鸡养殖者比较注重蛋鸡鸡苗的质量，通常优质鸡苗的进价要高于普通品种。
2、饲料成本。精饲料费用占蛋鸡业成本比重较大，甚至在小规模蛋鸡中接近75%，精饲料价格增长是导致蛋鸡业成本增加的最主要因素。蛋鸡料价格在2000～2016年期间年均增长4.3%左右。
3、人工成本。近年来人工成本也一路上涨，蛋鸡企业普遍反映不仅饲养员难招(2016年人工成本比2010年增长30%左右)，更严重的是打工旺季花钱也难雇到工。
4、防疫成本。2004～2016年蛋鸡养殖医疗防疫费用年均增长3～4%，与较高医疗费用不相称的是逐年增加的死亡损失费，规模蛋鸡死亡损失费也高于同期规模肉鸡，最具挑战的是没防住。
挑战三 鸡蛋加工量少、水平有差异
中国的现代鸡蛋加工业起步较晚，统计表明，鸡蛋主要以国内鲜蛋消费为主，而鸡蛋加工比例低于大型生产加工类企业较少，且经营规模很小，区域间的鸡蛋加工能力十分不平衡，与海内外的差距更大，低于日本、美国、欧洲等国家或地区。
挑战四 疾病对产业影响较大
农业部于2009年启动了中长期重大动物疾病防控战略规划专题研究，其中就包括对蛋鸡相关疾病。蛋鸡养殖企业积极采取措施积极防控蛋鸡疾病，尤其是养殖规模较大、投资金额巨大的蛋鸡养殖企业，如德青源、峪口、神丹、圣迪乐村等企业均建立了严格的疾病监测防控系统。
由于中国蛋鸡产业“小规模、大群体”的特征，蛋鸡养殖企业大部分处于FAO界定的较低生物安全生产方式分类。H7N9流感疾病对鸡蛋价格、蛋鸡养殖效益及行业的影响。以2017年为例，禽流感事件对蛋鸡产业影响的路径，主要包括产出价格路径、产出数量路径以及投入成本路径; 禽流感疾病作为随机因素会影响鸡蛋、淘汰鸡价格的走势，影响周期约6个月，且禽流感事件持续的时间取决于国家对禽流感疾病的监测防控响应速度;综合鸡蛋价格、淘汰鸡价格、雏鸡价格降低所造成的损失以及销售数量减少所造成的损失、蛋鸡养殖成本增加所造成的损失，初步匡算，2016年冬季至2017年春季，禽流感导致的总损失约为230亿元。
挑战五 环保督查力度不断加大
中央环保督查力度大，各地区环境考核将放在比GDP增长更重要的位置，各地政府也将更加严格、铁腕治理畜禽污染，重点督查禁养区、养殖规模水平低、养殖效率差、粪污处理设施不健全、污染严重的养殖场(户)。
挑战六 废弃物处理与利用亟待提升
废弃物处理与利用始终是困扰产业发展的难题;粪便处理仍以自然堆放和直接还田居多。不仅造成资源浪费，而且对养殖和生活环境造成污染，不利于整个行业的健康发展;有机肥见效慢、不能享受肥料补贴，还存在市场价格较高、推广难度较大、市场接受度较低的问题。
挑战七 市场风险
鸡蛋市场风险的主要表现形式是价格波动风险和农户收益风险;鸡蛋价格波动具有明显的季节性和周期性;季节性循环规律为1年，周期性循环规律约为36个月。最近几年周期有提前趋势。
