对畜禽养殖场违反环评及“三同时”制度的行为进行处罚，必须查清这一畜禽养殖场是否属于建设项目，是否需要编制环境影响评价报告书、报告表。
畜禽养殖场所是否要执行环评制度，要看是否属于《建设项目环境影响评价分类管理名录》里规定的类别。按照名录规定，畜禽养殖项目的类别是“畜禽养殖场、养殖小区”。《畜禽规模养殖污染防治条例》第四十三条规定，畜禽养殖场、养殖小区的具体规模标准由省级人民政府确定。对此，江苏省确定的标准为生猪存栏200头以上，或家禽存栏1万只以上，或奶牛存栏50头以上，或肉牛存栏100头以上。达到这一规模，才能称为畜禽养殖场、养殖小区。
畜禽养殖场所是否执行“三同时”制度，要看其是否属于环境影响报告书、报告表项目。《建设项目环境影响评价分类管理名录》规定，年出栏生猪5000头（其他畜禽种类折合猪的养殖规模）及以上或环境敏感区域的畜禽养殖场、养殖小区，属于报告书项目，其他的属于登记表项目。结合江苏省政府对畜禽养殖场、养殖小区的规定，以生猪为例，生猪年存栏不到200头的为养殖散户，无须办理环评手续；生猪年存栏200头以上不到5000头的，属于登记表项目，要进行备案；5000头以上的，属于报告书项目，要报环保部门审批。
据此，规模养殖场（小区）未按登记表项目报经环保部门备案投入经营使用的，应当按照《环境影响评价法》进行处罚，责令备案，罚款5万元以下。对属于报告书项目的，应该按照《环境影响评价法》和《建设项目环境保护管理条例》规定，按同时违反环评和“三同时”制度规定进行处罚。
《水污染防治法》对水源保护区内建设项目的要求更为严格，对违反相关规定的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为，处10万元以上50万元以下罚款，并报经有批准权的人民政府批准，责令拆除或者关闭。其中包括在饮用水水源二级保护区内新建、改建、扩建排放污染物的建设项目，应以特别法优先的原则，参照水源保护区内的畜禽养殖场项目进行处罚。
