原则上，针对畜禽养殖污染物排放超标及不正常使用污染治理设施等违法行为，可以依据相应条款进行处罚。除此之外，法律有特殊规定的，可以根据特殊规定进行处罚。
水污染方面，根据《水污染防治法》规定，向水体排放、倾倒工业废渣、城镇垃圾或者其他废弃物，或者在江河、湖泊、运河、渠道、水库最高水位线以下的滩地、岸坡堆放、存贮固体废弃物或者其他污染物的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为，限期采取治理措施，消除污染，处以罚款；逾期不采取治理措施的，环境保护主管部门可以指定有治理能力的单位代为治理，所需费用由违法者承担。
大气污染方面，根据《大气污染防治法》规定，未采取措施防止排放恶臭气体行为的，由县级以上人民政府环境保护等主管部门按照职责责令改正，处1万元以上10万元以下罚款；拒不改正的，责令停工整治或者停业整治。
固废污染方面，根据《固体废物污染环境防治法》规定，从事畜禽规模养殖未按照国家有关规定收集、贮存、处置畜禽粪便，造成环境污染的，由县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门责令限期改正，可处5万元以下的罚款。
