一、把抓畜禽养殖污染治理当成单纯搞达标排放！！
目前，不少地方认为畜禽养殖污染治理就是要搞污水处理工程、要搞达标排放。具体表现为，要求养殖场必须配备污水处理设施，产生的所有液体废物一律要求按照污水进行处理并“达标排放”。其原因就在于没有吃透政策法规，要以粪便等废弃物综合利用作为治理畜禽养殖污染根本途径的基本精神。
《畜禽规模养殖污染防治条例》明确将综合利用作为治理畜禽污染的根本途径，同时对配备相应的设施在第十三条做出了明确规定：“畜禽养殖场、养殖小区应当根据养殖规模和污染防治需要，建设相应的畜禽粪便、污水与雨水分流设施，畜禽粪便、污水的贮存设施，粪污厌氧消化和堆沤、有机肥加工、制取沼气、沼渣沼液分离和输送、污水处理、畜禽尸体处理等综合利用和无害化处理设施。”本条所述“根据养殖规模和污染防治需要”意思就是所述的各种设施都属于“综合利用和无害化处理设施”，且这类设施的配备都要“根据需要”，并非强制要求必须要配备某种设施，如污水处理设施。换句话说，就是只要能实现废弃物无害化和综合利用，具体建设什么设施，要视“需要”而定。
二、把粪肥还田当成向农田排污！！
不少地方主管部门对畜禽粪肥、粪浆液态肥、沼渣、沼液等还田利用心存疑虑，看到液态肥、沼液等还田就认为这是“将污染物排到田里”，是污染环境的行为。其实，粪肥等还田利用和向环境排放污染物有本质区别。
第一，目的不同。排放污染物目的是将本生产环节没有利用价值且不会再进入下一个生产单元的产物排放到环境中予以处置的行为，不会带来任何经济上的增值，只会增加环境污染负荷；而粪肥等还田利用的目的是提供土壤和植物养分，且可在种植业生产单元实现增值。
第二，效果不同。排放污染将直接增加环境污染物负荷，而还田利用只要符合《条例》规定（做到无害化并符合土地消纳利用需求），符合相关国家和地方标准，则不会导致污染。
《条例》在第十五条规定“国家鼓励和支持采取粪肥还田、制取沼气、制造有机肥等方法，对畜禽养殖废弃物进行综合利用”，在第十六条规定“国家鼓励和支持采取种植和养殖相结合的方式消纳利用畜禽养殖废弃物，促进畜禽粪便、污水等废弃物就地就近利用”，明确了废弃物综合利用的导向就是通过“种养结合”实现“就地就近”的“还田”等“综合利用”。
为了明确还田利用的概念，《条例》在第十八条规定“将畜禽粪便、污水、沼渣、沼液等用作肥料的，应当与土地的消纳能力相适应，并采取有效措施，消除可能引起传染病的微生物，防止污染环境和传播疫病。”明确了还田利用的两个基本条件，一是做到无害化，二是不过量。换句话说，满足上述两个条件，就是“用做肥料”，而不是排放污染物。
有一些地方存在要求沼液等液态肥还田要达到《农田灌溉水质标准》（GB5084-2005）的情况，这显然是混淆了施肥和灌溉的基本概念，适用标准不当！从另外一个角度上看，液态肥如果达到灌溉水质标准，那么其中的肥料成分就要被处理掉，那也就改变了液态肥的本来属性和用途。
三、把“禁养区”当成“无畜禽区”！！
有些地区在划定“禁养区”并进行清理整治的时候出现了对“禁养区”概念误读的情况，主要表现为划定的“禁养区”实行“全面禁养”，即划定区域内一头猪或其他畜禽也不能养，现有养殖活动一律限期清理。这是对有关法律法规的相关规定和表述的一种典型误解，是中国式简称导致信息和概念传导讹误的一种具体表现。
“禁养区”是相关法律和法规中所指的禁止建设养殖场和养殖小区的区域的简称，而不是一头猪、一只鸡或其他畜禽都不让养的区域。相关表述最早见于《畜禽养殖业污染防治管理办法》（环保总局令第9号）（2001年）第7条“禁止在下列区域内建设畜禽养殖场：……”；之后《畜牧法》（2005年）中引用了这一概念，第40条规定“禁止在下列区域内建设畜禽养殖场、养殖小区：……”；《条例》则引用了《畜牧法》的表述。
可以看出，在相关法律法规中并未出现“禁养区”这三个字，所指区域也更不是一头牛都不让养的“无畜禽区”。
